Η Συλλογή του Εκκλησιαστικού Μουσείου περιλαμβάνει περισσότερες από τέσσερις εκατοντάδες πολύτιμα κειμήλια εκκλησιαστικής τέχνης: Ιερατικά άμφια, λειτουργικά σκεύη, ξυλόγλυπτα έπιπλα, κλπ. Τα λατρευτικά αυτά αντικείμενα προέρχονται, ως επί τον πλείστον, από την ευαίσθητη γεωγραφική περιοχή γύρω από τις δύο όχθες του Έβρου ποταμού και χρονολογούνται από τον 16ο αι. έως τον 20ο αι. Τα προσφυγικά κειμήλια, που μετέφεραν ευλαβικά οι κάτοικοι της Αίνου κατά την ανταλλαγή πληθυσμών το 1922, κατέχουν ξεχωριστή θέση στο Μουσείο, λόγω της ιστορικής τους σημασίας.

Ξεχωριστό ιστορικό και θεολογικό ενδιαφέρον παρουσιάζουν, συγχρόνως, οι φορητές εικόνες από τον 18ο αι., τον 17ο αι. και τα τ.16ου αι. Απαρτίζουν πλούσιο σύνολο έργων της ορθόδοξης αγιογραφίας, διασώζουν πολύτιμα στοιχεία και διακρίνονται για την καλλιτεχνική τους ποιότητα. Το Εκκλησιαστικό Μουσείο της Ιεράς Μητροπόλεως Αλεξανδρουπόλεως βρίσκεται στο προαύλιο του Μητροπολιτικού Ναού Αγ. Νικολάου.

Η Συλλογή του Μουσείου χωρίζεται σε οκτώ ενότητες, όσες και οι αίθουσές του:

EΚΚΛΗΣΙΑ – ΠΑΙΔΕΙΑ – ΚΟΙΝΩΝΙΑ

ΞΥΛΟΓΛΥΠΤΟΣ ΔΙΑΚΟΣΜΟΣ – ΙΕΡΑ ΣΚΕΥΗ

ΤΑ ΙΕΡΑΤΙΚΑ  ΑΜΦΙΑ

Η ΤΕΧΝΙΚΗ ΤΗΣ ΕΙΚΟΝΑΣ

ΑΝΑΤΟΛΗ-ΔΥΣΗ, ΠΑΡΑΘΥΡΟ ΣΤΟΝ ΥΠΕΡΒΑΤΟ ΚΟΣΜΟ

ΟΡΘΟΔΟΞΗ ΕΙΚΟΝΟΓΡΑΦΙΑ

Η ΘΡΙΑΜΒΕΥΟΥΣΑ ΕΚΚΛΗΣΙΑ

Ο ΝΑΟΣ